那个当年被嘲笑成小灵通的测序仪,现在怎么样了?

摘要: BGISEQ-500平台已发表23篇高质量文章,合计影响因子142。

12-09 18:31 赵青 首页 华大科技BGITech


有一种测序仪,叫做华大国产测序仪。

刚刚推出的时候,被一些人否定、嘲笑,也被一些人怀疑、观望。

无关其他,只因为,它是“国产”。

可是,时间是最好的证人,它会告诉你,什么才是真正的好。请看国产测序仪真正的品质——




短短一年多,华大自主研发测序仪BGISEQ-500平台在国际学术期刊上,已发表23篇高水平文章,合计影响因子142,其中有《Cell》(影响因子:30.410)、《The Journal of Clinical Investigation》(影响因子:12.784)、《PNAS》(影响因子:9.661)等多篇高分期刊文章。


尤其近期文章井喷式爆发,数字快速增长,很多客户告诉科技君,文章马上发表、接收、定稿……截至发稿前是23篇,这个数字可能下一秒就被超越。


一言以蔽之,用了BGISEQ-500测序仪,不是发了文章,就是在发文章的路上。

 

文章太多,列表放在文末(有实力就是这么傲娇~)。科技君今天先和大家分享3个很有意思的小故事。



1

那篇BGISEQ-500 RNA-Seq《Cell》神作(文章1)


细数BGISEQ-500 RNA-Seq的18篇文章,不得不说的当属曹雪涛院士团队Cell 发表的Article。


《Cell》是与《Nature》、《Science》并称的神刊,影响因子极高,而且这本神刊每期只发十几篇Article,少得吓人,所以发一篇Cell Article可谓难上加难。而BGISEQ-500 RNA-Seq就这么轻轻松松发了Cell Article!这是CNS级的认可!而且,后面介绍中还有曹院士团队使用BGISEQ-500 发《PNAS》文章。



文章中实验方法有19项之多,每个方法当然也就只占一小部分,虽然如此,BGISEQ-500 RNA-Seq却不是打酱油的小角色,提供了准确快速的基因表达定量研究,贡献看下图:


图1 原文图3H和7A~E  SETD2促进干扰素诱导的STAT1 磷酸化和 ISGs 表达、SETD2选择性催化一些ISGs的 H3K36me3 修饰



2

一台什么样品都测得好的测序仪


不管是模式生物,

人、小鼠、果蝇、拟南芥、水稻;

还是非模式生物,

天上飞的:叶甲、韭菜迟眼蕈蚊;

水里游的:文昌鱼、海参;

地上有的:狗、狼、油菜、大花红景天;

还是原核生物,

小到看不见的:克雷伯氏菌;

BGISEQ-500平台统统都发了文章!

(物种详见文末列表)

这里特别要说的是两篇特殊样品文章:古生物化石和血液。


1

14,000年前古生物化石(文章8)

古生物化石样品研究难度很高,DNA严重降解、富含外源DNA污染。文章中对91-14,000年前的8个古老大型犬科动物的DNA样品,在BGISEQ-500和HiSeq平台上进行全基因组重测序。


结果发现BGISEQ-500的性能在准确性、基因组覆盖均一性、CNV calling上表现都是十分优秀的,一些分析点比HiSeq平台更好。所以BGISEQ-500用来研究降解DNA,质量非常靠谱!


图2 原文图1 BGISEQ-500与Illumina HiSeq 2500平台上文库复杂性的估计


2

血液(文章11)

血液中miRNA表达种类数少,表达量差异幅度较大。文章中比较BGISEQ-500和HiSeq、芯片平台两个血液样本的miRNA表达分布情况。


结果发现,主要是少数高表达Top10的miRNA,HiSeq平台测序数据比对到miR-451a仅有0.8%的reads,BGISEQ-500平台测序数据比对到miR-451a高达45.9%的reads,而在芯片数据中发现miR-451a有37.2%的reads比对上,BGISEQ-500平台与芯片分析结果一致。


图3 原文图4 HiSeq平台、BGISEQ-500平台和芯片平台数据中表达量排名前10 miRNA表达量占比



3

产品叠加使用,效果更加好


产品叠加使用,会出现什么效果呢?发表高分文章、多篇文章。


哪些产品可以叠加使用呢?各种组合都可以,比如下面文章研究表达调控是这样操作的:RNA-Seq+ ChIP-Seq,和RNA-Seq+Small RNA。


1

RNA-Seq+ChIP-Seq=一篇《PNAS》

影响因子:9.661(文章3)



这篇还是曹院士团队!


团队发现了天然免疫白细胞介素12(IL-12)表达调控的表观机制。具体来说,该研究揭示了一种全新的IL-12表达调控机制,即巨噬细胞中核定位的碳酸酐酶6B(CA-VI B)通过与蛋白精氨酸甲基化转移酶5(PRMT5)相互作用以表观修饰的机制促进IL-12的表达,拓展了表观修饰调控天然免疫应答的作用和机制研究。这一结果表明CA-VI B在天然免疫反应中发挥促进作用,为感染性疾病的研究和治疗提供新的潜在靶点和研究思路。


下面是BGISEQ-500 RNA-Seq和ChIP-Seq贡献的部分:

  

图4 原文图3A、S5和S9  Car6选择性促进巨噬细胞IL-12响应、Car6-b敲除对基因表达影响、PRMT5结合域分析


2

RNA-Seq+Small RNA=两篇连发

影响因子:8.316(文章10和18相加)


一个南京大学研究团队两个月连发两篇文昌鱼抗病毒免疫响应的研究文章。先发的一篇,利用Small RNA研究文昌鱼抗病毒免疫响应的microRNA;后发的一篇,讲述目前研究都是在microRNA免疫响应上,但基因表达响应上研究很少,因此利用RNA-Seq技术研究文昌鱼鳃抗病毒响应的基因表达变化。


有趣的是两篇文章实验设计是一样的,病毒实验组和对照组,每组3个生物学重复,一共测6个样品。本来BGISEQ-500平台价格就十分实惠,测6个RNA-Seq、6个Small RNA连发两篇,高性价比也是没谁了!





前方高能预警,文章霸屏来袭——




后,科技君想说的是,你必须非常努力,才能看起来毫不费力。华大科技和BGISEQ-500测序平台一直为追求更精准的数据、更实在的价格、更高效的进程、更优质的服务而不懈努力,并秉承科研人实事求是的本性,用客观的数据、高质量的文章展示“首选科研合作伙伴”的本色,为您的科研之路保驾护航。


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撰稿:赵    青

编辑:市场部


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